HACCP系統驗證或歐盟系統驗證作業的費用是依據商品檢驗規費收費辦法（可至本局網站首頁/商品檢驗/商品檢驗法規/法規命令/ 項下查詢全文規定）第24條辦理：

(1)申辦當年度：正式受理申請後，會有審查費（每件新臺幣10,000元）及評鑑費（依申請類別計收人天評鑑或複評費用，每人每天新臺幣8,000元。但評鑑時間未達4小時者，減半計收。）；若本局核定認可後，再繳交證照費（證書每件新臺幣2,000元）及當年度按日計收之登記費（年費為每件新臺幣12,000元）。

(2)認可之後每年度：追查或複評評鑑費（每人每天新臺幣8,000元。但評鑑時間未達4小時者，減半計收。）及登記費（年費為每件新臺幣12,000元）；若有證書補發或換發需求之證照費為每件新臺幣500元。